Требование бухгалтерии - справка об отсутствии прямого рейса при вылете в командировку на день раньше - правомерно?

Да,правомерно, иначе вам не должны выплачивать за этот день.

Есть такое письмо МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ПИСЬМО

от 13 июня 2017 г. N 03-03-РЗ/36418, согласно которому

Таким образом, если работник убывает в командировку ранее даты, указанной в приказе о командировании (возвращается из командировки позднее установленной даты), оплата его проезда в некоторых случаях не может рассматриваться как компенсация расходов, связанных со служебной командировкой.

В частности, если срок пребывания в месте командирования значительно превышает срок, установленный приказом о командировании (например, в случае, если сразу после окончания командировки работнику предоставляется отпуск, который он проводит в месте командирования), имеет место получение работником экономической выгоды, предусмотренной статьей 41 Кодекса, в виде оплаты организацией проезда от места проведения свободного от работы времени до места работы.

В этом случае оплата организацией за сотрудника обратного билета со сроком приезда позднее окончания срока командировки, обозначенного в приказе о командировании, в соответствии с подпунктом 1 пункта 2 статьи 211 Кодекса признается его доходом, полученным в натуральной форме. Стоимость указанного билета подлежит обложению налогом на доходы физических лиц в полном объеме в соответствии с положениями статьи 211 Кодекса.