Сильные боли в коленях у солдата - можно ли комиссовать из армии?

Да, Согласно Статье 51. (Основания увольнения с военной службы) Федерального закона о воинской обязанности

1. Военнослужащий подлежит увольнению с военной службы: а) по возрасту — по достижении предельного возраста пребывания на военной службе; б) по истечении срока военной службы по призыву или срока контракта; в) по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе и в ряде других случаев, которые перечислены в этой статье.

В Вашем случае возможно добиться военной врачебной комиссии, которая признает его не годным к дальнейшему прохождению службы и досрочно уволят, но это будет препятствием для дальнейшей службы в любых силовых структурах, таких как МВД. А вот перевод в другие части возможен опять же по заключению военно-врачебной комиссии, что предусмотрено Указом Президента РФ от 16.09.1999 N 1237 (ред. от 25.03.2013) «Вопросы прохождения военной службы» (вместе с «Положением о порядке прохождения военной службы»). Согласно п. 1 ст. 15 Указа в п. Статья 15. Порядок перевода к новому месту военной службы

1. Военнослужащий может быть переведен к новому месту военной службы из одной воинской части в другую (в том числе находящуюся в другой местности) в пределах Вооруженных Сил Российской Федерации (других войск, воинских формирований или органов, воинских подразделений Государственной противопожарной службы) в следующих случаях: (в ред. Указа Президента РФ от 17.04.2003 N 444)а) по служебной необходимости; б) в порядке продвижения по службе; в) по состоянию здоровья в соответствии с заключением военно-врачебной комиссии и в ряде других случаев, перечисленных в этом Указе. Как видите в любом случае необходимо заключение военно-врачебной комиссии.