Обращался к юристу, он сказал что после написания рапорта, через две недели обязаны уволить!

Никаких двух недель, нормы ТК РФ здесь не применимы!

По действующему законодательству собственное желание военнослужащего на увольнение с военной службы рассматривается лишь как просьба (пожелание), удовлетворение которой зависит от уважительности причин, устанавливаемых аттестационной комиссией воинской части, которая выносит соответствующе заключение.

Для увольнения с военной службы по данному основанию необходимо выполнение следующих условий:

1) военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, должен выразить желание уволиться с военной службы, доложив об этом рапортом по команде;

2) в рапорте об увольнении по собственному желанию должны быть мотивированно изложены уважительные причины увольнения по данному основанию;

3) командир (начальник), который принимает решение о представлении военнослужащего на увольнение, направляет рапорт и другие материалы на аттестационную комиссию;

4) аттестационная комиссия, рассматривая направленные ей материалы, а также непосредственно заслушивая военнослужащего, который выразил желание уволиться с военной службы по собственному желанию, должна прийти к выводу, что причины для увольнения у военнослужащего уважительные. Заключение аттестационной комиссии должно быть отражено в протоколе ее заседания, а военнослужащему выдана выписка из протокола;

5) решение о представлении военнослужащего к увольнению с военной службы принимает командир (начальник), который подписывает представление к увольнению с военной службы.

6) окончательное решение принимает должностное лицо, наделенное полномочиями по увольнению с военной службы.