Как вернуть денежную компенсацию после расторжения договора по программе Земский фельдшер и что делать, если нет возможности ее вернуть?

Начать необходимо с основного нормативного правового акта федерального значения, согласно которому осуществляется финансовое обеспечение программы.

Это постановление Правительства РФ

от 26 декабря 2017 года N 1640

Об утверждении государственной программы Российской Федерации «Развитие здравоохранения»

Приложение N 3. Правила предоставления и распределения субсидий из федерального бюджета бюджетам субъектов Российской Федерации и г.Байконура на реализацию отдельных мероприятий государственной программы Российской Федерации «Развитие здравоохранения»

6. Условиями предоставления субсидии являются:

а) утвержденные правовыми актами субъекта Российской Федерации мероприятия, на софинансирование которых осуществляется предоставление субсидии и которые включают:

порядок предоставления единовременных компенсационных выплат медицинским работникам (врачам, фельдшерам) в возрасте до 50 лет, являющимся гражданами Российской Федерации, не имеющим не исполненных обязательств по договору о целевом обучении, прибывшим (переехавшим) на работу в сельские населенные пункты, либо рабочие поселки, либо поселки городского типа, либо города с населением до 50 тыс. человек и заключившим трудовой договор с медицинской организацией, подведомственной органу исполнительной власти субъекта Российской Федерации или органу местного самоуправления, на условиях полного рабочего дня с продолжительностью рабочего времени, установленной в соответствии со статьей 350 Трудового кодекса Российской Федерации, с выполнением трудовой функции на должности, включенной в программный реестр должностей, предусмотренный подпунктом «д» пункта 4 настоящих Правил, в размере 1 млн. рублей для врачей и 0,5 млн. рублей для фельдшеров.

http://docs.cntd.ru/document/5...

Т.е. согласно приведенным положениям постановления правительства РФ, определено субсидирование субъектов РФ в которых принята и действует указанная программа.

При этом каждый субъект, принимает на своем уровне нормативный правовой акт регулирующий назначение единовременных компенсационных выплатах медицинским работникам участникам данной программы, утверждает форму договора с указанными медицинским работниками, а также основания для отказа в данной выплате.

Согласно Постановлению Правительства Московской области

от 3 апреля 2018 года N 204/13

Об утверждении Порядка предоставления единовременных компенсационных выплат медицинским работникам (врачам, фельдшерам) в возрасте до 50 лет, прибывшим (переехавшим) на работу в сельские населенные пункты, либо рабочие поселки, либо поселки городского типа, либо города с населением до 50 тысяч человек*

Порядок предоставления единовременных компенсационных выплат медицинским работникам (врачам, фельдшерам) в возрасте до 50 лет, прибывшим (переехавшим) на работу в сельские населенные пункты, либо рабочие поселки, либо поселки городского типа, либо города с населением до 50 тысяч человек

6. Единовременная компенсационная выплата предоставляется на основании договора

16. Медицинский работник, заключивший с медицинской организацией и Министерством договор, принимает обязательства:

1) исполнять трудовые обязанности в течение 5 лет со дня заключения договора на должности в соответствии с трудовым договором при условии продления договора на период неисполнения трудовой функции в полном объеме (кроме времени отдыха, предусмотренного статьями 106 и 107 Трудового кодекса Российской Федерации);

2) возвратить в бюджет Московской области часть единовременной компенсационной выплаты, рассчитанной пропорционально неотработанному периоду со дня прекращения трудового договора до истечения 5-летнего срока (за исключением случаев прекращения трудового договора по основаниям, предусмотренным пунктом 8 части первой статьи 77 и пунктами 5-7 части первой статьи 83 Трудового кодекса Российской Федерации), а также в случае перевода на другую должность или поступления на обучение по дополнительным профессиональным программам;

http://docs.cntd.ru/document/5...

Т.е. Ваш случай к исключениям указанным в положениях приведенного постановления не относится, видимо насколько я понял из вопроса происходит реорганизация путем слияния или изменения типа учреждения, но в этом случае договор с работниками не прекращается по закону

ТК РФ Статья 75. Трудовые отношения при смене собственника имущества организации, изменении подведомственности организации, ее реорганизации, изменении типа государственного или муниципального учреждения

Изменение подведомственности (подчиненности) организации или ее реорганизация (слияние, присоединение, разделение, выделение, преобразование) либо изменение типа государственного или муниципального учреждения не может являться основанием для расторжения трудовых договоров с работниками организации или учреждения.

Соответственно либо исполнять свои обязательства, либо в случае прекращения трудового договора по своей инициативе придется возвращать средства пропорционально неотработанному времени.