Как получить паспорт РФ, если я родился в Крыму, но был снят с регистрации на момент референдума?

Подавайте заявление на получение гражданства РФ... в том статусе кем Вы являетесь в данный момент.

Здравствуйте, вам нужно либо оспорить отказ в суде, либо оформлять гражданство в упрощённом порядке, скорее всего так либо в судебном порядке признавать себя гражданином РФ.

Согласно части 2 статьи 3 Федерального закона от 12 ноября 2012 года № 182-ФЗ «О внесении изменений в Федеральный закон «О гражданстве Российской Федерации» в срок до 1 января 2025 года, такие лица, при наличии их волеизъявления, могут с учетом установленных условий быть признаны гражданами Российской Федерации или приняты в гражданство Российской Федерации без соблюдения общих процедур приема в гражданство Российской Федерации.

Можно попробовать сначала составить заявление в суд и установить юридический факт Вашего проживания на территории Крыма в соответствующий период времени (доказывать нужно всеми возможными способами).

Затем на основании судебного решения (установленного факта) обращаться в миграционный орган.

Либо как указал мой Коллега выше, как один из вариантов в суде, пытаться обжаловать отказ, но без достаточных оснований, это будет крайне затруднительно. Вопросом в принципе можно попробовать заняться серьёзно.