Доброе утро могу я на машине с российскими номерами и регистрацией по молдавскому паспорту пересечению границу ЕС.

Добрый день Андрей. Вы как гражданин РФ,должны пересекать границу РФ по заграничному паспорту РФ,таковы требования закона, так же как и вьезжать обратно в РФ,на основании заграничного паспорта.

Федеральный закон от 15.08.1996 N 114-ФЗ (ред. от 08.12.2020) "О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию" (с изм. и доп., вступ. В силу с 04.02.2021)

Статья 6

Статья 6. Выезд из Российской Федерации и въезд в Российскую Федерацию граждане Российской Федерации осуществляют по действительным документам, удостоверяющим личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации. Порядок оформления, выдачи и изъятия этих документов определяется настоящим Федеральным законом.

КонсультантПлюс: примечание.

Разрешен выезд иностранных граждан в государства их гражданской принадлежности (без транзитного проезда через иные государства) по документам, сроки действия которых истекли после 14.03.2020 (Указ Президента РФ от 18.04.2020 N 274).

Иностранные граждане или лица без гражданства обязаны при въезде в Российскую Федерацию и выезде из Российской Федерации предъявить действительные документы, удостоверяющие их личность и признаваемые Российской Федерацией в этом качестве, и визу, если иное не предусмотрено международными договорами Российской Федерации, настоящим Федеральным законом или указами Президента Российской Федерации.