17-летний парень пришел в военкомат, чтобы встать на учет, но получил отказ по статье 9 Кодекса воинской службы - что делать?

Вас обоснованно поставили на первоначальный воинский учёт. Далее необходимо выполнять обязанности граждан по воинскому учёту.

Федеральный закон от 28.03.1998 N 53-ФЗ (ред. от 30.12.2021) "О воинской обязанности и военной службе"

Статья 9. Первоначальная постановка граждан на воинский учет

1. Первоначальная постановка на воинский учет граждан мужского пола осуществляется в период с 1 января по 31 марта в год достижения ими возраста 17 лет комиссиями по постановке граждан на воинский учет, создаваемыми в муниципальных районах, муниципальных и городских округах и на внутригородских территориях городов федерального значения решением высшего должностного лица субъекта Российской Федерации (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации) по представлению военного комиссара.

Статья 10. Обязанности граждан по воинскому учету

сообщить в двухнедельный срок в военный комиссариат либо в местную администрацию соответствующего поселения, муниципального или городского округа, осуществляющую первичный воинский учет, об изменении семейного положения, образования, места работы (учебы) или должности;

явиться в двухнедельный срок в военный комиссариат для постановки на воинский учет, снятия с воинского учета и внесения изменений в документы воинского учета при переезде на новое место жительства и (или) место пребывания, в том числе не подтвержденные регистрацией по месту жительства и (или) месту пребывания, либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию;

бережно хранить удостоверение гражданина, подлежащего призыву на военную службу,