Как написать отказ от казачьего класса, если дети уже заканчивают третий класс?

Вы можете это и сейчас сделать.

1)В соответствии с пунктом 2.1. Положения о классах и группах казачьей направленности в образовательных организациях Краснодарского края, утверждённого приказом Министерства образования, науки и молодёжной политики и департамента по делам казачества и военным вопросам Краснодарского края от «01» сентября 2016 года № 4177/76, открытие класса (группы) казачьей направленности в образовательных организациях Краснодарского края осуществляется приказом руководителя образовательной организации после согласования с учредителем с согласия и по инициативе участников образовательных отношений, казачьего общества Кубанского казачьего войска.

http://minobrkuban.ru/obrazova...

2)В соответствии с Федеральным законом от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 03.08.2018) «Об образовании в Российской Федерации», участниками образовательных отношений являются обучающиеся, родители (законные представители) несовершеннолетних обучающихся, педагогические работники и их представители, организации, осуществляющие образовательную деятельность.

http://www.consultant.ru/cons/...

Следовательно, организация казачьего класса возможна только по инициативе участников образовательных отношений и только с их согласия, в том числе с согласия самих обучающихся, а также их родителей и законных представителей.

3)Если руководство образовательного учреждения не принимает во внимание мнение родителей, рекомендую сформировать инициативную группу из числа родителей и обратиться с коллективной жалобой в Министерство образования, науки и молодёжной политики Краснодарского края через виртуальную приёмную http://minobrkuban.ru/vp/ или передать жалобу непосредственно в канцелярию данного органа по адресу: РФ, 350075, г. Краснодар, ул. Стасова, д. № 180).