Может ли учитель поставить,,2" за то что ученик пишет карандашом на самостоятельной не имея ручки при себе.

Вот например во ФГОС основного общего образования указано, что "Организация, осуществляющая образовательную деятельность, реализующая основную образовательную программу основного общего образования, должна иметь необходимые для обеспечения образовательной (в том числе детей-инвалидов и детей с ограниченными возможностями здоровья), административной и хозяйственной деятельности... полные комплекты технического оснащения и оборудования всех предметных областей и внеурочной деятельности, включая расходные материалы и канцелярские принадлежности (бумага для ручного и машинного письма, картриджи, инструменты письма (в тетрадях и на доске), изобразительного искусства, технологической обработки и конструирования, химические реактивы, носители цифровой информации)..." (П. 24 Приказа Минобрнауки России от 17.12.2010 N 1897 "Об утверждении федерального государственного образовательного стандарта основного общего образования"

(Зарегистрировано в Минюсте России 01.02.2011 N 19644)

То есть, из вышеуказанного я бы сделала вывод, что, если у ребенка нет ручки, образоввательное учреждение такой ручкой располагает и может предоставить ее ученику для написания самостоятельной работы.

Ставить за отсутствие ручки двойку кажется сомнительным и не является оценкой знания.