Как продать квартиру в Москве с несовершеннолетними детьми и перерегистрировать их в доме в Подмосковье?

Снять детей с регистрации можете только вместе с собою (с родителями). Регистрировать их в другом месте в России (если Вы не проживаете в России) не обязательно. Заявление можете направить в ФМС по почте, удостоверив подпись нотариально или в консульстве той страны, где находитесь.

Для продажи дома (если дети там просто зарегистрированы, не являются собственниками долей) дополнительных разрешений не нужно.