Как вернуть деньги за машину с прогнившим VIN-номером?

Можете расторгнуть ДКП.

Основание для расторжения договора, ст.ст.450-452 ГК РФ, так как в данном случае если не читается ВИН код, то машину не поставят на учет и следовательно Вы ее не сможете эксплуатировать. Для начала претензию продавцу с требованием расторгнуть договор и вернуть деньги.

ГК РФ Статья 452. Порядок изменения и расторжения договора

Позиции высших судов по ст. 452 ГК РФ >>>

1. Соглашение об изменении или о расторжении договора совершается в той же форме, что и договор, если из закона, иных правовых актов, договора или обычаев не вытекает иное.

(в ред. Федерального закона от 08.03.2015 N 42-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

2. Требование об изменении или о расторжении договора может быть заявлено стороной в суд только после получения отказа другой стороны на предложение изменить или расторгнуть договор либо неполучения ответа в срок, указанный в предложении или установленный законом либо договором, а при его отсутствии - в тридцатидневный срок.

В случае оставления претензии без удовлетворения подавайте в суд.

Федеральным законом от 10 декабря 1995 года N 196-ФЗ "О безопасности дорожного движения" определены правовые основы обеспечения безопасности дорожного движения.

В соответствии с частью 3 статьи 15 названного Закона транспортное средство допускается к участию в дорожном движении в случае, если оно состоит на государственном учете, его государственный учет не прекращен и оно соответствует основным положениям о допуске транспортных средств к участию в дорожном движении, установленным Правительством Российской Федерации. Требования, касающиеся государственного учета, не распространяются на транспортные средства, участвующие в международном движении или ввозимые на территорию Российской Федерации на срок не более одного года.

Исходя из изложенного, постановка автомобиля на учет допускается при условии его соответствия установленным требованиям безопасности дорожного движения и возможности идентификации транспортного средства. Подтверждение соответствия установленным требованиям безопасности возможно только в отношении транспортного средства, имеющего нанесенный организацией-изготовителем идентификационный номер, позволяющий его идентифицировать.

Согласно пункту 11 Основных положений по допуску транспортных средств к эксплуатации и обязанности должностных лиц по обеспечению безопасности дорожного движения, утвержденных Постановлением Правительства Российской Федерации от 23 октября 1993 года N 1090, запрещается эксплуатация транспортных средств, имеющих скрытые, поддельные, измененные номера узлов и агрегатов или регистрационные знаки.

В силу статьи 450 Гражданского кодекса Российской Федерации изменение и расторжение договора возможны по соглашению сторон, если иное не предусмотрено Гражданским кодексом, другими законами или договором. По требованию одной из сторон договор может быть изменен или расторгнут по решению суда только: 1) при существенном нарушении договора другой стороной; 2) в иных случаях, предусмотренных Гражданским кодексом, другими законами или договором. Существенным признается нарушение договора одной из сторон, которое влечет для другой стороны такой ущерб, что она в значительной степени лишается того, на что была вправе рассчитывать при заключении договора.