Как действовать в случае угроз и несанкционированного проживания в арендованной квартире?

"Судебное заключение" - это не законное основание, речь вероятно о решении суда, о признании права. Для того, что бы оно было реализовано - необходимо его зарегистрировать. Законное основание владеть квартирой - это иметь выписку из ЕГРН, где будет указано, что ваш друг собственник жилого помещения.

мол вызовет на меня сотрудников и они меня выселят

я живу в ней незаконно и без ее согласия

Вообще, конечно, если доли не выделены в натуре, то распоряжаться общим имуществом собственники должны с согласия других собственников долей:

"Гражданский кодекс Российской Федерации (часть первая)" от 30.11.1994 N 51-ФЗ (ред. от 28.12.2016)

ГК РФ Статья 247. Владение и пользование имуществом, находящимся в долевой собственности

1. Владение и пользование имуществом, находящимся в долевой собственности, осуществляются по соглашению всех ее участников, а при недостижении согласия - в порядке, устанавливаемом судом.

2. Участник долевой собственности имеет право на предоставление в его владение и пользование части общего имущества, соразмерной его доле, а при невозможности этого вправе требовать от других участников, владеющих и пользующихся имуществом, приходящимся на его долю, соответствующей компенсации.