И правомерно ли требование фирмы оплатить услуги, за повторную подачу документов на регситрацию?

На самом деле вопрос правомерен ли отказ регистрирующего органа - довольно частый. Вина тому неопределенность в Федеральном законе от 21.07.1997 N 122-ФЗ "О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним", поскольку в данном законе статьей 19 предусмотрены основания для приостановления, а статьей 20 - основания для отказа, однако четких разграничений между статьями не установлено. Так, например, в ст. 19 сказано, что регистрация приостанавливается при возникновении у регистратора сомнений в наличии оснований для государственной регистрации прав, в подлинности представленных документов или достоверности указанных в них сведений, но в то же время в ст. 20 предусмотрено, что в регистрации может быть отказано если документы, представленные на государственную регистрацию прав, по форме или содержанию не соответствуют требованиям действующего законодательства, а так же если не представлены документы, необходимые для государственной регистрации прав, в случаях, если обязанность по представлению таких документов возложена на заявителя.

В Вашем же случае использованы средства целевого займа, это порождает дополнительный перечень необходимых документов, так как приобретаемое имущество является залогом. Таким образом документ, подтверждающий перечисления средств заемщику, вполне может являться одним из основных к договору целевого займа, а его отсутствие может вполне законно служить основанием для отказа в силу ст.20.

Хотя, на мой взгляд, регистрирующий орган мог бы и приостановить в силу ст. 19, я считаю, что есть основания для обжалования такого отказа в суде.

Желательно бы увидеть сам отказ (точную формулировку, ссылки на закон и пр.)

Что касается Ваших отношений с агентством (фирмой), то, по моему мнению, налицо непрофессионализм, некомпетентность, дилетантство. Но вопрос вправе ли Вы винить их, и вправе ли они требовать повторной оплаты - разрешается исходя из Ваших с ними договорных отношений. Скорее всего можно их привлечь к гражданско-правовой ответственности, но нужно посмотреть Ваш договор с ними.