А ответственность по ст. 11.1 КоАП РФ наступает с момента совершения АП или с момента обнаружения АП?

В этой статье части отличаются по своей сути - некоторые являются длящимися правонарушениями, некоторые нет.

Ответственность наступает для них соответственно по разному.

Например,

по ч. 2 - с момента обнаружения, т.к. нарушение выражается в длительном и непрекращающемся невыполнении обязанностей, установленных законом (погрузка грузов может быть длительным процессом, и виновное лицо может несоблюдать габариты вплоть до обнаружения правонарушения).

по ч. 5 - с момента совершения, т.к. нарушение выражается действием, которое запрещено (нельзя проходить через ж/д пути где попало, один раз прошел проигнорировав правило, все, правонарушение окончено).

В КоАП РФ нет таких понятий, более того, что по ряду нарушений сложно определить, к какому именно виду относится то или иное нарушение.

Понятие раскрывает ВС РФ:

Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 24.03.2005 N 5 (ред. от 23.12.2021) "О некоторых вопросах, возникающих у судов при применении Кодекса Российской Федерации об административных правонарушениях"

При применении данной нормы судьям необходимо исходить из того, что длящимся является такое административное правонарушение (действие или бездействие), которое выражается в длительном непрекращающемся невыполнении или ненадлежащем выполнении предусмотренных законом обязанностей.

Далее - лишь вопрос правильной квалификации правонарушения правоохранительным органом.