Комиссию ли по зворовью из армии, если я, например, заболел СПИДом находясь в отпуске?

Решение об увольнении только на основании заключения ВВК.

Федеральный закон от 28.03.1998 N 53-ФЗ (ред. от 24.09.2022) "О воинской обязанности и военной службе" (с изм. и доп., вступ. В силу с 13.10.2022)

Статья 51. Основания увольнения с военной службы

в) по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе, за исключением военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, указанного в пункте 2.1 статьи 36 настоящего Федерального закона, изъявившего желание продолжить военную службу на воинской должности, которая может замещаться указанным военнослужащим;

(в ред. Федерального закона от 14.07.2022 N 315-ФЗ)

г) по состоянию здоровья - в связи с признанием военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе военнослужащего, проходящего военную службу по контракту на воинской должности, для которой штатом предусмотрено воинское звание до старшины или главного корабельного старшины включительно, за исключением военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, указанного в пункте 2.1 статьи 36 настоящего Федерального закона, изъявившего желание продолжить военную службу на воинской должности, которая может замещаться указанным военнослужащим;

(в ред. Федеральных законов от 28.06.2002 N 75-ФЗ, от 30.12.2002 N 186-ФЗ, от 14.07.2022 N 315-ФЗ)

г.1) по состоянию здоровья - в связи с признанием военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе военнослужащего, проходящего военную службу по призыву;

(пп. "г.1" введен Федеральным законом от 14.07.2022 N 315-ФЗ)