Налоговая требует явиться после оплаты налога и пени по декларации 3 НДФЛ о продаже - почему?

Вполне возможно, что у Вас вообще не было оснований для подачи декларации, т.к. в ряде случаев этого не требуется. Они перечислены в пункте 4 статьи 229 НК РФ:

Налогоплательщики вправе не указывать в налоговой декларации доходы, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения) в соответствии со статьей 217 настоящего Кодекса (за исключением доходов, указанных в пунктах 60 и 66 статьи 217 настоящего Кодекса), а также доходы, указанные в статье 214.2 настоящего Кодекса, доходы, сведения о которых представлены в налоговые органы в порядке, установленном пунктом 5 статьи 226, пунктом 14 статьи 226.1 и пунктом 9 статьи 226.2 настоящего Кодекса, доходы, при получении которых налог полностью удержан налоговыми агентами, если это не препятствует получению налогоплательщиком налоговых вычетов, предусмотренных статьями 218 - 221 настоящего Кодекса.

Налогоплательщики вправе не указывать в налоговой декларации сумму всех полученных в налоговом периоде доходов от продажи недвижимого имущества, указанного в абзаце втором подпункта 1 пункта 2 статьи 220 настоящего Кодекса, если в отношении такого недвижимого имущества налогоплательщик в налоговом периоде имеет право на имущественный налоговый вычет в размере, предусмотренном абзацем вторым подпункта 1 пункта 2 статьи 220 настоящего Кодекса, и если сумма всех таких доходов от продажи такого имущества в налоговом периоде не превышает установленный размер такого имущественного налогового вычета.

Налогоплательщики также вправе не указывать в налоговой декларации сумму всех полученных в налоговом периоде доходов от продажи недвижимого имущества, указанного в абзаце третьем подпункта 1 пункта 2 статьи 220 настоящего Кодекса, и (или) сумму всех полученных в налоговом периоде доходов от продажи имущества, указанного в абзаце четвертом подпункта 1 пункта 2 статьи 220 настоящего Кодекса, если в отношении такого недвижимого имущества (имущества) налогоплательщик в налоговом периоде имеет право на имущественный налоговый вычет в размере, предусмотренном абзацем третьим и (или) четвертым подпункта 1 пункта 2 статьи 220 настоящего Кодекса, и если сумма всех таких доходов от продажи такого недвижимого имущества (имущества) в налоговом периоде не превышает установленный размер такого имущественного налогового вычета.

Например, в случае если продали по истечении минимального срока владения либо вычет перекрыл доходы от продажи.