Можно ли применить ст.5.39 КоАП РФ к председателю СНТ, если он не выдает члену товарищества копии протоколов общих собраний.

Применить то можно всё, что угодно, да только выдавать копии протоколов общих собраний у председателя обязанности нет.

Можно, другое дело если протоколы размещены в доступных местах, либо на сайте СНТ

С учетом положений п. 2 ст. 22 Федерального закона 17 января 1992 года № 2202-1 «О прокуратуре Российской Федерации», ч. 1 ст. 28.4 КоАП РФ прокурор или его заместитель имеет право возбуждать производство об административных правонарушениях, предусмотренных, в том числе ст. 5.39 КоАП РФ, по основаниям, установленным законом.

В силу ст. 28.1 КоАП РФ производство по делу об административном правонарушении может быть начато при наличии достаточных данных, указывающих на событие административного правонарушения.

При этом, вопрос о том, являются ли сообщенные в заявлении данные достаточными для возбуждения дела об административном правонарушении, разрешается лицом, уполномоченным возбуждать такие дела.

В силу п. 2 ч. 1 ст. 24.5 КоАП РФ производство по делу об административном правонарушении не может быть начато, а начатое производство подлежит прекращению при отсутствии состава административного правонарушения.

Согласно ч. 5 ст. 28.1 КоАП РФ в случае отказа в возбуждении дела об административном правонарушении при наличии материалов, сообщений, заявлений, указанных в пунктах 2 и 3 части 1 настоящей статьи, должностным лицом, рассмотревшим указанные материалы, сообщения, заявления, выносится мотивированное определение об отказе в возбуждении дела об административном правонарушении.

Согласно п. 7 ст. 21 Федерального закона от 29 июля 2017 № 217-ФЗ «О ведении гражданами садоводства и огородничества для собственных нужд и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» заверенные копии протоколов, указанных в частях 2 и 3 настоящей статьи, или заверенные выписки из данных протоколов предоставляются членам товарищества по их требованию или по требованию лиц, указанных в части 1 статьи 5 настоящего Федерального закона (если в данных протоколах содержится указание на решения, принятые общим собранием членов товарищества по вопросам, предусмотренным пунктами 4 - 6, 21 и 22 статьи части 1 статьи 17 настоящего Федерального закона), а также органам государственной власти или органам местного самоуправления в случае, если сведения, содержащиеся в таких протоколах, могут быть запрошены данными органами в соответствии с их полномочиями, предусмотренными федеральным закон