И возможно ли гарантировать мне отсутствие материальных претензий в будущем?

Квартира приобретена в период брака, является совместно нажитым имуществом, следовательно, жене принадлежит 1/2 доля, даже если она не выделена. Жена может вам подарить или продать эту 1/2 долю, либо оформить соглашение о разделе имущества, согласно которому лдоля переходит к вам. Гарантировать ничего нельзя, но лучше всего для вас, если вы у нее выкупите эту долю.

Павел, если квартира приобретена в браке, то она подлежит разделу между супругами, на равные доли, если иное не установлено брачным договором. Соответственно, у жены 1/2 доля квартиры. Кредит так же, подлежит разделу пополам. У ребенка, который родится. не будет права собственности на квартиру или ее долю. Будет только прописка по месту жительства его матери. Рекомендую подумать о продаже квартиры, и разделе денег между вами и женой.

и планирую выкупить эту долю, тем-более, что квартира в залоге у моего работодателя и выплачено всего 7-9% кредита. Т.е. я могу заключить договор купли-продажи с ней и тогда ни она ни её дети никак не будут претендовать на жильё?

Я бы на вашем месте именно так и поступила. Т.е. выкупила бы долю, с согласия займодателя. Осталось уговорить супругу. )

А в случае невыплаты кредита может ли организация забрать квартиру как залог для последующей реализации и выписать принудительно бывшую жену с ребенком?