Как выписать друга и прописаться в муниципальную квартиру, если он пропал и у него нет родственников?

Вы уверены, что в квартире не зарегистрированы? Если не зарегистрированы, то почему счет оформлен на Ваше имя?

Снять друга (нанимателя) с регистрации и исключить его из договора социального найма квартиры можно только при наличии веских оснований, например, признания его умершим в судебном порядке (ст.45 ГК РФ и глава 30 ГПК РФ).

Гражданский кодекс РФ (часть первая) Статья 45. Объявление гражданина умершим:

1. Гражданин может быть "объявлен" судом умершим, если в месте его жительства нет сведений о месте его пребывания в течение пяти лет, а если он пропал без вести при обстоятельствах, угрожавших смертью или дающих основание предполагать его гибель от определенного несчастного случая, - в течение шести месяцев.

2. Военнослужащий или иной гражданин, пропавший без вести в связи с военными действиями, может быть объявлен судом умершим не ранее чем по истечении двух лет со дня окончания военных действий.

3. Днем смерти гражданина, объявленного умершим, считается день вступления в законную силу решения суда об объявлении его умершим. В случае объявления умершим гражданина, пропавшего без вести при обстоятельствах, угрожавших смертью или дающих основание предполагать его гибель от определенного несчастного случая, суд может признать днем смерти этого гражданина день его предполагаемой гибели.