Возможен ли отказ в регистрации ООО в Ростове-на-Дону из-за прописки учредителя?

Нет,не могут. В соответствии с п. 2 ст. 8 Федерального закона от 08.08.2001 N 129-ФЗ "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" (ред. от 23.12.2010) государственная регистрация юридического лица осуществляется по месту нахождения указанного учредителями в заявлении о государственной регистрации постоянно действующего исполнительного органа, в случае отсутствия такого исполнительного органа - по месту нахождения иного органа или лица, имеющих право действовать от имени юридического лица без доверенности.

При этом на основании пп. "в" п. 1 ст. 5 Закона N 129-ФЗ сведения об адресе (месте нахождения) постоянно действующего исполнительного органа (в случае отсутствия постоянно действующего исполнительного органа - иного органа или лица, имеющих право действовать от имени юридического лица без доверенности) отражаются в Едином государственном реестре юридических лиц, и по этому адресу осуществляется связь с юридическим лицом.

В соответствии со ст. 40 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ "Об обществах с ограниченной ответственностью" (ред. от 28.12.2010) единоличным исполнительным органом общества является генеральный директор, президент и т.п.

Таким образом, государственная регистрация создаваемого общества с ограниченной ответственностью осуществляется по месту нахождения его единоличного исполнительного органа - генерального директора, президента и т.п.

Адрес (место нахождения) названного лица указывается учредителем в заявлении о регистрации и подлежит отражению в Едином государственном реестре юридических лиц.

При этом Закон N 129-ФЗ не содержит ограничений для регистрации юридического лица по месту жительства физического лица, которое после регистрации организации будет осуществлять функции ее единоличного исполнительного органа.