Должен ли я выплачивать недостачу, если был на больничном 2 недели?

Точно так же. Просто суммы и время больничного будут исключены из расчета.

Положение

об особенностях порядка исчисления средней заработной платы

(утв. постановлением Правительства РФ от 11 апреля 2003 г. N 213)

"3. Расчет среднего заработка работника независимо от режима его работы производится исходя из фактически начисленной ему заработной платы и фактически отработанного им времени за 12 месяцев, предшествующих моменту выплаты.

Средний заработок для оплаты отпусков и выплаты компенсации за неиспользованные отпуска исчисляется за последние 3 календарных месяца (с 1-го до 1-го числа).

4. При исчислении среднего заработка из расчетного периода исключается время, а также начисленные за это время суммы, если:

а) за работником сохранялся средний заработок в соответствии с законодательством Российской Федерации;

б) работник получал пособие по временной нетрудоспособности или пособие по беременности и родам;

в) работник не работал в связи с простоем по вине работодателя или по причинам, не зависящим от работодателя и работника;

г) работник не участвовал в забастовке, но в связи с этой забастовкой не имел возможности выполнять свою работу;

д) работнику предоставлялись дополнительные оплачиваемые выходные дни для ухода за детьми-инвалидами и инвалидами с детства;

е) работник в других случаях освобождался от работы с полным или частичным сохранением заработной платы или без оплаты в соответствии с законодательством Российской Федерации;

ж) работнику предоставлялись дни отдыха (отгулов) в связи с работой сверх нормальной продолжительности рабочего времени при вахтовом методе организации работ и в других случаях в соответствии с законодательством Российской Федерации".