Что делать, если начальник не подписывает рапорт о выходе на пенсию?

Александр, обращайтесь с рапортом к вышестоящему начальнику, с жалобой в прокуратуру

согласно ст. 106 Дисциплинарного устава ВС РФ письменные обращения, направляемые военнослужащим должностным лицам воинской части, излагаются в форме рапорта. Статьей 116 этого же Устава определено, что все обращения подлежат рассмотрению в срок до 30 суток. В соответствии с Федеральным законом от 02.05.2006 г. N 59-ФЗ "О порядке рассмотрения обращений граждан Российской Федерации", а также согласно Регламенту Министерства обороны Российской Федерации и Инструкцией по работе с обращениями граждан в Вооруженных Силах Российской Федерации, утвержденной Приказом Министра обороны Российской Федерации от 18.08.2014 г. N 555, Указом Президента РФ от 10.11.2007 N 1495.

Военнослужащий, подавший обращение (предложение, заявление или жалобу), имеет право (п. 109 Дисциплинарного устава):

1) представлять дополнительные материалы или ходатайствовать об их истребовании;

2) знакомиться с документами и материалами, касающимися рассмотрения его обращения, не содержащими сведения, относящимися к государственной или иной охраняемой законом тайне, если это не затрагивает права, свободы и законные интересы других лиц;

3) получать письменный ответ по существу поставленных в обращении (предложении, заявлении или жалобе) вопросов или уведомление о переадресации письменного обращения (предложения, заявления или жалобы) в иные органы или должностному лицу, в компетенцию которых входит решение указанных вопросов;

4) обращаться с жалобой на принятое по обращению (предложению, заявлению или жалобе) решение или на действия (бездействие) в связи с рассмотрением обращения (предложения, заявления или жалобы) в административном и (или) судебном порядке в соответствии с законодательством Российской Федерации;

5) обращаться с заявлением о прекращении рассмотрения обращения (предложения, заявления или жалобы).

Военнослужащие имеют право на защиту своих прав и законных интересов также путем обращения в суд. При этом могут быть обжалованы неправомерные решения и действия (бездействие) органов военного управления и командиров (ст. 21 Закона N 76-ФЗ).

Ст.108 которого говорится, что военнослужащий подает жалобу на незаконные в отношении его действия (бездействие) командира (начальника) или других военнослужащих, нарушение установленных законами Российской Федерации прав и свобод непосредственному командиру (начальнику) того лица, действия которого обжалует.

В соответствии с абз. 3 п. 2 ст. 1, ст. 10, Федерального закона «О прокуратуре Российской Федерации», "Инструкции о порядке рассмотрения и разрешения обращений и приема заявителей в органах прокуратуры" (утв. Приказом Генпрокуратуры России от 30.01.2013 N 45) Прокуратура осуществляет надзор за соблюдением прав и свобод человека и гражданина, а также рассматривает, проверяет, и разрешают поданные заявления, жалобы, обращения и иные сообщения о нарушении прав и свобод человека и гражданина.

А поэтому Вам следует направить жалобу в Прокуратуру, для проведения проверки за незаконные действия, превышение полномочий, самоуправство и привлечение к ответственности (ст.10 ФЗ "О прокуратуре РФ" от 17.01.1992 N 2202-1).