Можно ли выделить доли в квартире с мат. капиталом в виде 29/1000 и 471/1000?

Да, можно.

Доли можно определить и в таких (тысячных) дробях, но с практической точки зрения лучше, если знаменатель дроби будет одно- или двухзначный. Потому что эти дроби могут делиться и дальше (дарение, наследство и т.п.), и в конечном итоге в них могут запутаться не только сами собственники, но и специалисты.

Здравствуйте. Да, можно, вполне. В законе не говорится о каких-то конкретных видах дробей. Самое главное, чтобы при суммировании всех долей — поличилась единица (то есть доля вида 1/1 или 1000/1000, как в вашем случае).

Да, можно и округлять не нужно — коллеги правы, для Росреестра нет требования к конкретному виду дроби, важно только чтобы сумма долей давала единицу. Дроби со знаменателем 1000 в делах с материнским капиталом — стандартная практика, суды формулируют так регулярно.

Практический момент, который стоит проверить отдельно: арифметику лучше пересчитать до подачи иска (у вас 29+29+471+471=1000 — сходится), и важно, чтобы резолютивная часть решения суда содержала точно те же дроби, что потом пойдут в заявление на регистрацию в Росреестр. Расхождение хотя бы в одной цифре между решением и заявлением — частая техническая причина приостановки регистрации, лучше сверить заранее.