Как документально закрепить намерения по аренде нежилого помещения и оплату с разных дат?

Предварительный договор здесь лишний. Он не даёт арендатору права пользоваться помещением, значит, ремонт в ноябре всё равно придётся оформлять чем-то ещё. А если он передумает, у Вас останется только право требовать заключения основного договора через суд, и заявить его нужно в течение шести месяцев с момента неисполнения (п. 5 ст. 429 ГК РФ). Пропустили срок, право сгорело. Рабочий вариант проще: сразу основной договор аренды с 1 ноября и арендными каникулами на ремонт.

1. Срок с 1 ноября, передача по акту в тот же день (ст. 611 ГК РФ). С этого момента у арендатора есть законное основание находиться в помещении и делать ремонт.

2. Арендная плата по периодам (ст. 614 ГК РФ): за ноябрь льготная, с 1 декабря полная. Ставить за ноябрь ноль не советую: налоговая может увидеть в этом безвозмездное пользование. Лучше символическая ставка, а разницу заложить в плату за остальной срок.

3. Обеспечительный платёж (ст. 381.1 ГК РФ) вместо задатка. Он засчитывается в счёт платы или удерживается при нарушениях, и не тянет за собой спор о двойной сумме, как задаток.

4. Условие о ремонте. Пропишите объём работ, сроки, согласование перепланировок и главное: что стоимость неотделимых улучшений не возмещается. Это условие закон разрешает менять договором, и оно работает безусловно (п. 2 ст. 623 ГК РФ). Формулировку «работы выполняются в счёт арендных каникул» тоже стоит добавить, она пригодится как дополнительный довод в споре. Но сама по себе она не защищает: суды обычно считают каникулы компенсацией за невозможность пользоваться помещением во время ремонта, а не оплатой улучшений.

5. Срок договора. При сроке от года договор подлежит государственной регистрации (п. 2 ст. 651 ГК РФ). Поэтому обычно заключают на 11 месяцев с последующей пролонгацией, каждый раз отдельным документом и на срок меньше года.

6. Решите заранее вопрос с продлением. При сроке 11 месяцев Вы не обязаны продлевать договор. Арендатор, вложившийся в ремонт, это понимает и, скорее всего, попросит гарантию. Здесь развилка: либо прописать обязанность продлить на согласованных условиях, либо компенсацию при отказе. Лучше решить это сейчас, чем спорить через год.

Чего точно не делать: пускать арендатора в помещение до подписания договора и акта. Без документов Вы не докажете ни условия, ни обязанность платить.