В паспортном столе мне сказали что необходимо проходить дополнительные проверки что существенно усложнит процедуру замены.

Украинские штампы не делают российский паспорт недействительным. В соответствии с "Соглашением между Правительством Российской Федерации и Правительством Украины о безвизовых поездках граждан Российской Федерации и Украины":

Статья 1

Граждане государства одной Стороны могут въезжать, выезжать и передвигаться по территории государства другой Стороны без виз с соблюдением правил пребывания и регистрации, действующих в этом государстве, по удостоверяющим личность и подтверждающим гражданство документам, указанным в Приложениях 1 и 2 к настоящему Соглашению.

Этой статьей российская сторона согласилась, в частности, и с тем, что если по внутреннему законодательству Украины положено ставить отметки о регистрации в документы, по которым иностранный гражданин въезжает в Украину - то их можно ставить и во внутренние российские паспорта. Поскольку внутренний паспорт указан в Приложении к Соглашению как один из документов, по которому российские граждане могут въезжать в Украину.

Таким образом имеем:

"Положение о паспорте гражданина РФ" запрещает внесение в паспорт отметок, не предусмотренных этим Положением,

НО:

"Соглашение о безвизовых поездках граждан Российской Федерации и Украины" разрешает властям Украины проводить регистрацию российских граждан по своим правилам, которые некоторое время предусматривали внесение штампов в российские паспорта.

Из этих двух документов приоритет имеет "Соглашение...", поскольку оно является международным договором.

"Положение о паспорте..." в части, противоречащей международному договору - применяться не может.