И Что делать сейчас, чтобы сохранить за собой долю?

Суд прав. Вы оплачивали 3500 в 1992 г., что после деноминации равно 3,5 руб. Поскольку, как я поняла, решения об увеличении уставного капитала за счет вкладов участников при переименовании из ТОО в ООО не принималось, уставный капитал должен был составить 7 рублей. Вы записали сумму 8400 руб., это значит, что уставный капитал не оплачен. После тогго, как в течение года уставный капитал не оплачен, он должен был быть уменьшен, при этом уменьшить уставный капитал до 7 руб. невозможно - он становится неже установленного минимума. Такое общество подлежит ликвидации.

По-хорошему, Ваше внесение изменений в Устав ничтожно, как исчисляется срок исковой давности по таким искам с принятием Закона о внесении изменений в ГК - не совсем ясно. У Вас был срок давности 10 лет, т.е., до 2008 г., но как суд сочтет необходимым толковать сокращение срока давности в Вашем именно случае - не знаю. Много разных позиций высказывается. Я бы советовала попробовать предъявить иск о применении последствий ничтожности сделки в части увеличения уставного капитала в 1998 г. без решения общего собрания участников, затем следовало бы привести документы в соответствии с требованиями Закона об ООО, и снова зарегистрировать эти изменения, так, чтобы уставный капитал был 7 руб.

Ситуация у Вас очень сложная. Подробную консультацию можно получить у адвоката по месту Вашего жительства, показав ему все документы.