Но я знаю что такие случаи были, когда люди подавали уточненную декларацию с выплатой денег в бюджет.

Уважаемая Юлия! Налоговым кодексом не предусмотрен отказ налогоплательщика от предоставленной ему ранее налоговой льготы , а право на вычет предоставляется по НК РФ(пп.2 п.1 ст.220 НК РФ) лишь единожды, поэтому налоговые органы полагают, что налогоплательщик не вправе претендовать на предоставление имущественного налогового вычета по результатам очередного налогового периода и с этой целью не вправе представить уточненную налоговую декларацию по налогу на доходы, в которой им был заявлен данный имущественный налоговый вычет и по которой произведен возврат налога. Какой-то период Вы пользовались вычетом, а потом вернули деньги, то есть определённый период времени из бюджета изымались деньги и Вы ими пользовались и только потом вернули (могли этого не делать), поэтому налоговые органы считают право использованным. Напрямую такую ситуацию законодательство не регулирует, поэтому при обжаловании Вами отказа в предоставлении вычета по другому объекту в суд у Вас крайне сомнительная судебная перспектива, ведь суд лишь применяет закон, а не создаёт новые нормы, которых нет в законе (это удел законодателей). Если будут внесены соответствующие изменения в НК РФ, то только тогда появится возможность получения вычета при возрате в бюджет ранее возвращённых сумм налога. Согласно ч.2 ст.56 НК РФ налогоплательщик вправе отказаться от использования льготы либо приостановить ее использование на один или несколько налоговых периодов, поэтому Вы сможете воспользоваться вновь вычетом, но только по ранее приобретённому объекту и только если Вы по прежнему его собственник.