Как вернуть квартиру, полученную моей матерью в 1998 году, после ее исчезновения в 2002 году?

Вам нужно признать мать умершей, согласно со ст.45 Гражданского Кодекса РФ и гл.30 Гражданского Процессуального Кодекса РФ в судебном порядке.

Часть 1 статьи 45 ГК РФ говорит о том, что гражданин может быть объявлен судом умершим, если в месте его жительства нет сведений о месте его пребывания в течение пяти лет, а если он пропал без вести при обстоятельствах, угрожавших смертью или дающих основание предполагать его гибель от определенного несчастного случая, - в течение шести месяцев.

Ст. 277 ГПК РФ гласит:

В заявлении об объявлении гражданина умершим должно быть указано, для какой цели необходимо заявителю признать гражданина безвестно отсутствующим или объявить его умершим, а также должны быть изложены обстоятельства, подтверждающие безвестное отсутствие гражданина, либо обстоятельства, угрожавшие пропавшему без вести смертью или дающие основание предполагать его гибель от определенного несчастного случая. В отношении военнослужащих или иных граждан, пропавших без вести в связи с военными действиями, в заявлении указывается день окончания военных действий.

В таком случае квартира переходит по наследству к Вам в собственность. Очень важно посмотреть документы на данную квартиру. Если таковых нет, то нужно затребовать их в соответствующих органах. Зарегистрировано ли право собственности вашей матери на квартиру?