В начале 2000 года я получил ипотечный кредит в банке и приобрел квартиру.

Ввиду того, что данные правоотношения возникли у Вас до введения в действие части 2 Налогового Кодекса РФ, Вы имеете возможность продолжить получение льготы, в том случае, если соответствующая льгота уже была рассчитана на тот период.

С 2000 г., согласно Закону РФ “О подоходном налоге с физических лиц” от 07.12.91 №1998-1 (в ред. Закона РФ № 207-ФЗ от 25.11.99),совокупный доход физических лиц уменьшается на суммы (в пределах пятитысячекратного размера установленного законом минимального размера оплаты труда, учитываемого за три года подряд), начиная с того года, в котором приобретены жилой дом. Порядок предоставления льгот с (года)приобретения жилья применяется по доходам, полученным после 1 января 2000 года (ст.2 Закона РФ от 25.11.99 № 207-ФЗ "О внесении изменений и дополнений в закон РФ "О подоходном налоге с физических лиц"). По моему мнению, изменения, внесенные Законом РФ № 207-ФЗ от 25.11.99 в п. "в" абз.6 ст.3 Закона РФ "О подоходном налоге с физических лиц", ухудшают положение налогоплательщиков - физических лиц в части периода пользования льготой по подоходному налогу, связанной с приобретением жилья. П. 2 ст. 5 Налогового Кодекса РФ установлено, что акты законодательства о налогах и сборах, устанавливающие новые обязанности или иным образом ухудшающие положение налогоплательщиков, обратной силы не имеют. Таким образом, Закон РФ № 207-ФЗ должен распространять свое действие на правоотношения, возникшие после 01.01.2000, а следовательно, указанный порядок предоставления льготы с даты приобретения жилья должен применяется к доходам, полученным после 01.01.2000 при условии приобретения жилья физическим лицом после 01.01.2000.Согласно ст.2 Закона РФ “О подоходном налоге с физических лиц” от 07.12.91 №1998-1 (с изменениями и дополнениями) "датой получения дохода в календарном году является дата выплаты дохода (включая авансовые выплаты) физическому лицу, либо дата перечисления дохода физическому лицу, либо дата передачи физическому лицу дохода в натуральной форме".Так как на суммы расходов на приобретение жилья уменьшается именно "…совокупный доход, полученный физическими лицами в налогооблагаемый период" п. 6. ст. 3 Закона РФ “О подоходном налоге с физических лиц” от 07.12.91 №1998-1 (с изменениями и дополнениями), при применении льготы следует учитывать фактически полученный физическим лицом доход.Таким образом, если выплата заработной платы, начисленной в течение года предоставления льготы, произошла после окончания трехлетнего периода (с даты подачи заявления), то данный доход физического лица не льготируется. Если выплата заработной платы осуществляется в течение трехлетнего периода, то применение льготы правомерно. П.76 Инструкции ГНС РФ от 29.06.95 "По применению Закона РФ "О подоходном налоге с физических лиц" гласит, что если физическое лицо представляет в бухгалтерию предприятия документы, подтверждающие его право на льготы после их возникновения, то перерасчет по подоходному налогу производится за весь налогооблагаемый период в течение календарного года начиная с месяца, в котором возникло это право.При этом необходимо иметь в виду, что документы, подтверждающие льготу, должны быть представлены гражданами в бухгалтерию не позднее срока установленной заработной платы за декабрь истекшего календарного года, а при применении льготы налоговым органом -не позднее 1 апреля года, следующего за отчетным. В случае несвоевременного привлечения граждан к уплате налога или исчисления налога с их доходов с нарушением действующего законодательства, возврат либо взыскание им налоговой суммы производится не более чем за три года, предшествующих обнаружению акта неправильного удержания (например: вследствие арифметической ошибки, законодательные изменения ставок налога,неверного применения льготы и т.д.).