Как начинается отсчет 90-дневного пребывания в России для иностранных граждан?

Это действует уже давно.

Статья 5. Временное пребывание иностранных граждан в Российской Федерации

1. Срок временного пребывания иностранного гражданина в Российской Федерации определяется сроком действия выданной ему визы.

Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина, прибывшего в Российскую Федерацию в порядке, не требующем получения визы, не может превышать девяносто суток, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Федеральным законом.

2. Временно пребывающий в Российской Федерации иностранный гражданин обязан выехать из Российской Федерации по истечении срока действия визы или срока, установленного настоящим Федеральным законом, если на момент истечения указанных сроков им не получено разрешение на продление срока пребывания либо разрешение на временное проживание.

3. Срок временного пребывания иностранного гражданина в Российской Федерации может быть соответственно продлен либо сокращен в случаях, если изменились условия или перестали существовать обстоятельства, в связи с которыми ему был разрешен въезд в Российскую Федерацию.

4. Решение о продлении либо сокращении срока временного пребывания иностранного гражданина в Российской Федерации принимается федеральным органом исполнительной власти, ведающим вопросами иностранных дел, или федеральным органом исполнительной власти, ведающим вопросами внутренних дел, или его территориальными органами.

5. Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина, прибывшего в Российскую Федерацию в порядке, не требующем получения визы, и заключившего трудовой договор или гражданско-правовой договор на выполнение работ (оказание услуг) с соблюдением требований настоящего Федерального закона, продлевается на срок действия заключенного договора, но не более чем на один год, исчисляемый со дня въезда иностранного гражданина в Российскую Федерацию. Решение о продлении срока временного пребывания иностранного гражданина в Российской Федерации принимается территориальным органом федерального органа исполнительной власти, ведающего вопросами внутренних дел, о чем делается отметка в миграционной карте.

Александр, правило 90/180 действует со дня въезда на территорию России, т.е. учитывает дни, проведенные в России

Срок пребывания исчисляется с момента фактического нахождения на территории РФ

Статья 37.

Иностранные граждане, прибывшие в Российскую Федерацию до вступления в силу настоящего Федерального закона в порядке, не требующем получения визы, обязаны обратиться с заявлением о получении миграционной карты в территориальный орган федерального органа исполнительной власти в сфере миграции по месту своего пребывания в течение шестидесяти суток со дня вступления в силу настоящего Федерального закона. Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина, получившего миграционную карту, составляет не более девяноста суток со дня получения миграционной карты.

(в ред. Федерального закона от 18.07.2006 N 110-ФЗ)

2. Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина, прибывшего в Российскую Федерацию до вступления в силу настоящего Федерального закона в порядке, не требующем получения визы, и не обратившегося с заявлением о получении миграционной карты, исчисляется со дня вступления в силу настоящего Федерального закона.

Течение 90 суток начинается с момента пересечения границы (въезда) до его обратного пересечения (выезда).

Закон обратной силы не имеет, поэтому со дня вступления закона в силу и действуют установленные сроки!