Купили дом, сейчас он находится под обременением, а пенсионный отказал в перечислении материнского капитала. Что делать?

Обжалуйте в суд решение, которым наложено обременение, либо погасите его. Договаривайтесь с продавцом (ст. 421 ГК РФ) и подавайте документы снова.

Согласно ст. 25 ФЗ «Об ипотеке» и п.4 ст.29 ФЗ « О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним» регистрационная запись об ипотеке погашается на основании заявления законного владельца закладной, совместного заявления залогодателя и залогодержателя или на основании вступившего в законную силу решения суда.

Либо оспаривайте отказ ПФР в суд согласно гл. 25 ГПК РФ (гопошлина 200 руб), либо расторгайте договор купли-продажи, если не найдёте денег на доплату - у Вас есть существенное изменение обстоятельств согласно ст. 451 ГК РФ: "Существенное изменение обстоятельств, из которых стороны исходили при заключении договора, является основанием для его изменения или расторжения, если иное не предусмотрено договором или не вытекает из его существа. Изменение обстоятельств признается существенным, когда они изменились настолько, что, если бы стороны могли это разумно предвидеть, договор вообще не был бы ими заключен или был бы заключен на значительно отличающихся условиях" (Вы не знали об отказе ПФР при распоряжении Вами материнским капиталом при заключении договора).