Скажите, пожалуйста, могла ли организация оформить в собственность жилье в котором мы проживали и получили?

Здравствуйте, помогите разобраться. Муж, работал в строительной организации с 1991- 1999гг, у них ставили на очередь на квартиру и люди работали на стройке,чтобы получить жильё. Я получил квартиру в 1996г. ,у меня есть договор с организацией, о том, что я получаю квартиру и сам ее доделываю (там были только стены, все установили и сделали мы за свой счет), а организация передает нам квартиру, ордер на квартиру мы получили в 1998году, когда всё доделали. В 2010г. мы решили приватизировать эту квартиру, но организация в которой он работал, развалилась, я узнавала у бывшего начальника куда надо обратиться, он сказал, что организации нет и куда обращаться он не знает.Муж обратился в суд так как организации как таковой нет. Я собрала документы в суд . Суд признал право собственности за нами в 2010г., мы отдали документы в Россреестр и оформили документы. Сейчас нам звонят с Россреестра, у них проверка там и выясняется, что организация в какой работал муж в 2000г. оформила в собственность нашу квартиру, хотя мы проживаем в ней с 1996 года. И в Россреестре мне говорят, что приватизация у нас недействительна и нас могут выселить из квартиры. Что нам делать? Также в Росреестре предлагают, чтобы бывший начальник написал отказ, а он говорит, что отдаст документы в администрацию и пусть те судятся с нами. Но когда была приватизация нашей квартиры на заседание приглашали представителя от администрации и она давала согласие от лица администрации.И мы ведь брали выписки с Россреестра и с БТИ , не было собственника , как он мог появиться? Скажите, пожалуйста, могла ли организация оформить в собственность жилье в котором мы проживали и получили?