На сколько правомерны действия сотрудников налоговой?

Летом 2005 г моя семья решила кв. вопрос путем продажи квартиры, приобретенной в 2000 г (по дате на документах о праве собственности) через долевое строительство и оформленной на меня и мать по 1/3 и 2/3 части собственности и покупкой другой квартиры (покупателем является только моя мать). Сделка была оформлена как продажа одной и покупка другой квартиры и в договорах были заявлены суммы 700 т. р. и 1100 т. р. В октябре 2006 г матерью была подана в налоговый орган НДФЛ-3 с целью возврата налогового вычета в связи с покупкой кв. После чего было получено требование об уточненной декларации в связи с продажей кв. в 2005 г и необходимостью самостоятельного отчисления налога в соответствии с п.п. 2 ст. 228 части второй НК РФ. На сколько правомерны действия сотрудников налоговой? Действительно ли необходимо выплачивать налог? (На сколько я знаю, что продажа кв. стоимостью менее 1 млн. р. налогом не облагается). Необходимо ли мне подавать декларацию в связи с продажей 1/3 части кв. стоимостью 700 т. р.? И какова должна быть минимальная сумма дохода при продаже машины или квартиры при которой необходимо самостоятельно подавать декларацию и отчислять налог? В каком размере исчисляется налог на дополнительный доход в перечисленных случаях?