Влияет ли служба в ВС на зарплату врача в государственном лечебном учреждении - трудовой или медицинский стаж?

Это будет зависеть от того, каков перерыв в стаже.

На у вообще право на надбавки есть.

2.1. В стаж работы засчитывается:

2.1.2. Работникам, предусмотренным в подпункте 1.3 Положения:

- время службы (работы) в военно-медицинских учреждениях (подразделениях) и на медицинских (фармацевтических) должностях в Вооруженных Силах СССР, СНГ и Российской Федерации, а также в учреждениях здравоохранения системы КГБ, ФСБ России, МВД России, МЧС России, ФАПСИ, ФСЖВ России, СВР России, ФПС России и ФСНП России, ГТК России, Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков, Минюста России;

2.2. Стаж работы сохраняется:

При поступлении на работу в учреждения здравоохранения и социальной защиты населения, при отсутствии во время перерыва другой работы:

2.2.3. не позднее трех месяцев:

- со дня увольнения с работы (службы) в военно-медицинских учреждениях (подразделениях) и с медицинских (фармацевтических) должностей в Вооруженных Силах СССР, СНГ и Российской Федерации, а также в учреждениях здравоохранения системы КГБ, ФСБ России, МВД России, МЧС России, ФАПСИ, ФСЖВ России, СВР России, ФПС России и ФСНП России, ГТК России, Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков, не считая времени переезда

Приказ Минздравсоцразвития РФ от 28.08.2008 N 463н (ред. от 02.08.2011) "О введении новой системы оплаты труда работников федеральных бюджетных научных учреждений, имеющих в составе клинические подразделения, подведомственных Министерству здравоохранения и социального развития Российской Федерации" (вместе с "Примерным положением об оплате труда работников федеральных бюджетных научных учреждений, имеющих в составе клинические подразделения, подведомственных Министерству здравоохранения и социального развития Российской Федерации") {КонсультантПлюс}