Могу ли я получить налоговый вычет за покупку квартиры в Подмосковье, если у меня временная прописка в Москве?

Можете. Право на налоговый вычет никак не связано с наличием или отсутствием временной регистрации. Просто вычет предоставляется по месту налогового учета или работодателем, но тоже требуется решение налогового органа. Налоговый же учет проводится по месту жительства.

НК РФ.

"Статья 220. Имущественные налоговые вычеты

2. Имущественные налоговые вычеты (за исключением имущественных налоговых вычетов по операциям с ценными бумагами) предоставляются на основании письменного заявления налогоплательщика при подаче им налоговой декларации в налоговые органы по окончании налогового периода, если иное не предусмотрено настоящей статьей.

Имущественный налоговый вычет при определении налоговой базы по операциям с ценными бумагами предоставляется в порядке, установленном статьей 214.1 настоящего Кодекса.

3. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 2 пункта 1 настоящей статьи, может быть предоставлен налогоплательщику до окончания налогового периода при его обращении к работодателю (далее в настоящем пункте - налоговый агент) при условии подтверждения права налогоплательщика на имущественный налоговый вычет налоговым органом по форме, утверждаемой федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов.

Налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета у одного налогового агента по своему выбору. Налоговый агент обязан предоставить имущественный налоговый вычет при получении от налогоплательщика подтверждения права на имущественный налоговый вычет, выданного налоговым органом.

Право на получение налогоплательщиком имущественного налогового вычета у налогового агента в соответствии с настоящим пунктом должно быть подтверждено налоговым органом в срок, не превышающий 30 календарных дней со дня подачи письменного заявления налогоплательщика, документов, подтверждающих право на получение имущественного налогового вычета, которые указаны в подпункте 2 пункта 1 настоящей статьи.

В случае, если по итогам налогового периода сумма дохода налогоплательщика, полученного у налогового агента, оказалась меньше суммы имущественного налогового вычета, определенной в соответствии с подпунктом 2 пункта 1 настоящей статьи, налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в порядке, который предусмотрен пунктом 2 настоящей статьи".