Как решить проблему временной регистрации, не совпадающей с фактическим проживанием?

Ничего не будет - Вы же указали "место своего фактического проживания".

Если будут проверять всех зарегистрированных, 100 лет не хватит проверяльщикам.

Ст. 27 Конституции РФ указывает: "Каждый, кто законно находится на территории Российской Федерации, имеет право свободно передвигаться, выбирать место пребывания и жительства".

Конституцией РФ не ограничивается право на свободу передвижения и выбора места жительства. В части 1 статьи 150 ГК РФ употребляются понятия "право свободного передвижения", "выбор места пребывания и жительства". Привлечь вас к уголовной ответственности никто не имеет право, нормами уголовного законодательства не предусмотрено привлечение к уголовной ответственности за проживание не по месту регистрации. Во если бы у вас вообще бы отсутствовала регистрация, то это предусматривает административное наказание в виде штрафа ст. 19.15 «Проживание по месту жительства или по месту пребывания гражданина РФ, обязанного иметь удостоверение личности гражданина (паспорт), без удостоверения личности гражданина (паспорта) или по недействительному удостоверению личности гражданина (паспорту) либо без регистрации по месту пребывания или по месту жительства влечет наложение административного штрафа в размере от одной тысячи пятисот до двух тысяч пятисот рублей». Иными словами, если вы где-то живете без регистрации (временной или постоянной), то за это могут и оштрафовать. Но только, если докажут, что вы проживаете в этом месте постоянно.

«В соответствии с Конституцией Российской Федерации и международными актами о правах человека каждый гражданин Российской Федерации имеет право на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации». Таким образом, любой гражданин РФ может находиться на территории РФ без каких-либо разрешений на это. И регистрация по месту жительства или пребывания тут вообще не причем. Может Вы только вчера приехали. Или даже два месяца назад. Т.к гражданин РФ имеет право находиться сроком до 90 суток по месту пребывания без регистрации.