Работаю неофициально, в качестве подработки но в стабильном графике, имеют ли право удерживать налог 13%?

Поскольку Ваши отношения не оформлены, то удерживать налог не могут.

Вместе с тем, трудовой договор считается заключенным с момента фактического допуска к работе. В этом случае работодатель был обязан оформить письменный трудовой договор в течении 3 дней после допуска Вас к работе