Возможно ли взыскать неустойку на сумму задолженности по алиментам, если должник начал исправно платить 25% от минимальной зарплаты после двух лет просрочки?

Да, можете.

Статья 115. Ответственность за несвоевременную уплату алиментов

1. При образовании задолженности по вине лица, обязанного уплачивать алименты по соглашению об уплате алиментов, виновное лицо несет ответственность в порядке, предусмотренном этим соглашением.

2. При образовании задолженности по вине лица, обязанного уплачивать алименты по решению суда, виновное лицо уплачивает получателю алиментов неустойку в размере одной второй процента от суммы невыплаченных алиментов за каждый день просрочки.

(в ред. Федерального закона от 30.06.2008 N 106-ФЗ)

Получатель алиментов вправе также взыскать с виновного в несвоевременной уплате алиментов лица, обязанного уплачивать алименты, все причиненные просрочкой исполнения алиментных обязательств убытки в части, не покрытой неустойкой.