Военнослужащая осталась в долгу - кто вернет ей ошибочно выплаченные зарплаты?

Это не законно. Федеральный закон от 12 июля 1999 г. N 161-ФЗ "О материальной ответственности военнослужащих" Статья 12. Порядок производства денежных удержаний

1. Ежемесячные денежные удержания для возмещения причиненного военнослужащим ущерба производятся в размере 20 процентов месячного денежного довольствия, а для возмещения ущерба, причиненного в результате хищения, умышленных уничтожения, повреждения, порчи, незаконных расходования или использования имущества либо иных умышленных действий (бездействия) независимо от того, содержат ли они признаки состава преступления, предусмотренного уголовным законодательством Российской Федерации, - в размере 50 процентов месячного денежного довольствия военнослужащего.

Не законно

Статья 1109. Неосновательное обогащение, не подлежащее возврату

Не подлежат возврату в качестве неосновательного обогащения:

1) имущество, переданное во исполнение обязательства до наступления срока исполнения, если обязательством не предусмотрено иное;

2) имущество, переданное во исполнение обязательства по истечении срока исковой давности;

3) заработная плата и приравненные к ней платежи, пенсии, пособия, стипендии, возмещение вреда, причиненного жизни или здоровью, алименты и иные денежные суммы, предоставленные гражданину в качестве средства к существованию, при отсутствии недобросовестности с его стороны и счетной ошибки;

4) денежные суммы и иное имущество, предоставленные во исполнение несуществующего обязательства, если приобретатель докажет, что лицо, требующее возврата имущества, знало об отсутствии обязательства либо предоставило имущество в целях благотворительности.

В суд по месту нахождения ответчика

ст. 11 ТК РФ

Трудовое законодательство и иные акты, содержащие нормы трудового права, не распространяются на следующих лиц (если в установленном настоящим Кодексом порядке они одновременно не выступают в качестве работодателей или их представителей):

военнослужащие при исполнении ими обязанностей военной службы.

Вам следует обращаться в военную прокуратуру или в военный гарнизонный суд.

с жалобой о незаконности решения об удержании и возврате денежных средств.

УСПЕХОВ ВАМ.

В суд по месту своего жительства подавайте иск о возврате незаконного удержания, о чём свидетельствует ст. 1109 ГК РФ: "Не подлежат возврату в качестве неосновательного обогащения: ...заработная плата и приравненные к ней платежи, пенсии, пособия, стипендии, возмещение вреда, причиненного жизни или здоровью, алименты и иные денежные суммы, предоставленные гражданину в качестве средства к существованию, при отсутствии недобросовестности с его стороны и счетной ошибки".

Ущерб МО РФ возмещает виновное лицо из ЕРЦ МО РФ.