Как получить гражданство для ребенка при разводе и наличии всех необходимых документов?

Если у органа ФМС есть сомнения в наличии гражданства РФ у ребенка и/или родителей, он вправе провести проверки в рамках своей компетенции и при наличии оснований для проверки. С Ваших слов, органы ФМС излишне требовательны. Петербург и Москва особенно отличаются предвзятостью, так как общеизвестно, что органы МВД/ФМС в свое время выдавали довольно много документов о гражданстве (вкладыши, паспорта), и теперь стремятся исполнить несколько внутренних приказов министра МВД Нургалиева (законной силы не имеющих) - в ущерб гражданам.

Обязаны принять документы к рассмотрению, а все проверки осуществлять без нарушения указанных в законодательстве сроков.

В Вашем случае, тем более если в свидетельстве о рождении ребенка указано гр-во РФ, даже постановка штампа ФМС о наличии гражданства - не обязательна.

Но советую Вам не не начинать спорить с ФМС по факту "подтверждения гражданства РФ", а обжаловать отказ в выдаче именно того за чем Вы обратились- загранпаспорта. И тогда в письменном ответе (на Ваше письменное заявление!) ФМС придется либо письменно подтвердить ими факт нарушения Положении по гражданству РФ, либо они решат всё по закону, без требований даже копии паспорта второго родителя.