Документы на Гражданство подавали в ОВИР Невского района, но их не приняли, сказав что нужно оформлять вид на жительство.

Когда Вы стали гражданкой РФ, Ваш ребенок приобрел гражданство РФ вместе с Вами (так ребенок приобретает гражданство РФ вместе с родителями, а Вы оба стали россиянами). Это вне зависимостиот того, был ли он указан в заявлении или нет.

В любом случае:

"ФЗ "О гражданстве РФ"

Глава V. ГРАЖДАНСТВО ДЕТЕЙ ПРИ ИЗМЕНЕНИИ ГРАЖДАНСТВА РОДИТЕЛЕЙ, ОПЕКУНОВ И ПОПЕЧИТЕЛЕЙ. ГРАЖДАНСТВО НЕДЕЕСПОСОБНЫХ ЛИЦ

Статья 24. Изменение гражданства ребенка при приобретении или прекращении гражданства Российской Федерации его родителей

1. Ребенок приобретает гражданство Российской Федерации, если оба его родителя или единственный его родитель приобретают гражданство Российской Федерации.

...

Статья 25. Гражданство ребенка при приобретении или прекращении гражданства Российской Федерации одним из его родителей

1. Если один из родителей, имеющих иное гражданство, приобретает гражданство Российской Федерации, их ребенок, проживающий на территории Российской Федерации, может приобрести гражданство Российской Федерации по заявлению его родителя, приобретающего гражданство Российской Федерации.

2. Если один из родителей, имеющих иное гражданство, приобретает гражданство Российской Федерации, их ребенок, проживающий за пределами Российской Федерации, может приобрести гражданство Российской Федерации по заявлению обоих его родителей."

Не тратье время на споры с органами ФМС в районных отделениях, обращайтесь в Управление ФМС РФ по СПб и ЛО, а если письменные обращения не помогут решению вопроса, в суд.