То есть изначально какие ограничения были такие и остались.

Нет это статья распространяется на все случаи ограничения трудоспособности.

Например работнику назначили инвалидность 3-й группы и определенные ограничения на условия труда. Однако, работодатель ВОПРЕКИ данному медицинскому заключению не предоставил человеку работу, отвечающим требованиям медицинского заключения и человек работал там, где по медицинским показаниям ему было ЗАПРЕЩЕНО работать.

Это очень существенное нарушение трудового законодательства со стороны работодателя. Работодатель всегда может сказать, что, например непосредственные руководители работника не докладывали вышестоящему руководству о том, что условия труда не отвечают требуемым, однако работодатель во время, т.с. обнаружил свое нарушение и теперь хочет его исправить.

Понимаете дело не в том, что работодатель долгое время позволял работать работнику в условиях не отвечающим требованиям мед. заключения, а дело в том, что человеку в таких условиях работать ЗАПРЕТИЛИ и работодатель всегда может воспользоваться ст. 73 ТК РФ, сославшись на свой недосмотр, работодатель может даже признать свою вину, суть не меняется. Если человеку запретили работать именно в таких условиях - то работать он там не должен, иначе работодателя накажут.

Тут вы, в качестве аргумента, можете погрозить обращением в трудовую инспекцию, которая за это существенное нарушение ТК РФ привлечет работодателя к штрафу, плюс навлечет на себя проверки. Может работодатель перестанет придираться и заставлять переводиться.