Должна ли я подавать декларацию, если квартира стоит меньше миллиона рублей?

Должны. Налоговый вычет, о котором Вы упомянули, носит заявительный характер, то есть необходимо писать заявление на предоставление такого вычета, и предоставлять декларацию и документы, подтверждающие полученный от продажи доход. Декларацию надо было подать до 30 апреля. А штраф - если все напишите и подадите декларацию, соответственно налогов по этому случаю с Вас действительно не причитается, могут привлечь к административной ответственности за несвоевременную подачу декларации, в таком случае 100руб.

НК РФ.

"Статья 220. Имущественные налоговые вычеты

1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов:

1) в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей, а также в суммах, полученных в налоговом периоде от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих 125 000 рублей. При продаже жилых домов, квартир, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков и земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более, имущественный налоговый вычет предоставляется в сумме, полученной налогоплательщиком при продаже указанного имущества.

Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, предусмотренного настоящим подпунктом, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов, за исключением реализации налогоплательщиком принадлежащих ему ценных бумаг.

2. Имущественные налоговые вычеты (за исключением имущественных налоговых вычетов по операциям с ценными бумагами) предоставляются на основании письменного заявления налогоплательщика при подаче им налоговой декларации в налоговые органы по окончании налогового периода, если иное не предусмотрено настоящей статьей.

Статья 228. Особенности исчисления налога в отношении отдельных видов доходов. Порядок уплаты налога

1. Исчисление и уплату налога в соответствии с настоящей статьей производят следующие категории налогоплательщиков:

1) физические лица - исходя из сумм вознаграждений, полученных от физических лиц и организаций, не являющихся налоговыми агентами, на основе заключенных трудовых договоров и договоров гражданско-правового характера, включая доходы по договорам найма или договорам аренды любого имущества;

2) физические лица - исходя из сумм, полученных от продажи имущества, принадлежащего этим лицам на праве собственности;

3) физические лица - налоговые резиденты Российской Федерации, за исключением российских военнослужащих, указанных в пункте 3 статьи 207 настоящего Кодекса, получающие доходы от источников, находящихся за пределами Российской Федерации, - исходя из сумм таких доходов;

4) физические лица, получающие другие доходы, при получении которых не был удержан налог налоговыми агентами, - исходя из сумм таких доходов;

5) физические лица, получающие выигрыши, выплачиваемые организаторами лотерей, тотализаторов и других основанных на риске игр (в том числе с использованием игровых автоматов), - исходя из сумм таких выигрышей.

6) физические лица, получающие доходы в виде вознаграждения, выплачиваемого им как наследникам (правопреемникам) авторов произведений науки, литературы, искусства, а также авторов изобретений, полезных моделей и промышленных образцов;

7) физические лица, получающие доходы в денежной и натуральной формах в порядке дарения, за исключением случаев, предусмотренных пунктом 18.1 статьи 217 настоящего Кодекса.

2. Налогоплательщики, указанные в пункте 1 настоящей статьи, самостоятельно исчисляют суммы налога, подлежащие уплате в соответствующий бюджет, в порядке, установленном статьей 225 настоящего Кодекса.

Общая сумма налога, подлежащая уплате в соответствующий бюджет, исчисляется налогоплательщиком с учетом сумм налога, удержанных налоговыми агентами при выплате налогоплательщику дохода. При этом убытки прошлых лет, понесенные физическим лицом, не уменьшают налоговую базу.

3. Налогоплательщики, указанные в пункте 1 настоящей статьи, обязаны представить в налоговый орган по месту своего учета соответствующую налоговую декларацию.

Статья 229. Налоговая декларация

1. Налоговая декларация представляется налогоплательщиками, указанными в статьях 227 и 228 настоящего Кодекса.

Налоговая декларация представляется не позднее 30 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом.

Статья 119. Непредставление налоговой декларации

1. Непредставление налогоплательщиком в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации в налоговый орган по месту учета, при отсутствии признаков налогового правонарушения, предусмотренного в пункте 2 настоящей статьи,

влечет взыскание штрафа в размере 5 процентов суммы налога, подлежащей уплате (доплате) на основе этой декларации, за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30 процентов указанной суммы и не менее 100 рублей".