Судебные приставы списали средства с банковского счета ООО за неуплату штрафов - правомерно ли это и как поступить в случае отсутствия средств?

Все верно. Три штрафа - три испол.производства, испл.сбор с ООО - 10 000 рублей.

Остается только проверить соблюдена ли процедура в части предоставления срока для добровольного исполнения. Если срок предоставлялся, но штраф не оплатили, считайте, что это плата за обучение Вас закону об испол.производстве.