Агент по недвижимости сказал, что налог с нее я платить не должен, и я НДФЛ 3 в 2007 году не подал.

Действительно, после продажи квартиры вы должны были подать налоговую декларацию, указав сумму сделки и то, что Вы пользуетесь налоговым вычетом согласно подп.1.п.1.ст. 220 НК РФ

Согласно ст. 119 НК РФ

1. Непредставление налогоплательщиком в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации в налоговый орган по месту учета, при отсутствии признаков налогового правонарушения, предусмотренного в пункте 2 настоящей статьи,

влечет взыскание штрафа в размере 5 процентов суммы налога, подлежащей уплате (доплате) на основе этой декларации, за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30 процентов указанной суммы и не менее 100 рублей.

2. Непредставление налогоплательщиком налоговой декларации в налоговый орган в течение более 180 дней по истечении установленного законодательством о налогах срока представления такой декларации

влечет взыскание штрафа в размере 30 процентов суммы налога, подлежащей уплате на основе этой декларации, и 10 процентов суммы налога, подлежащей уплате на основе этой декларации, за каждый полный или неполный месяц начиная со 181-го дня.

Так как налог вы действительно платить не должны, то штраф должен составить 100 рублей. Но я вам советую обратиться к налоговому инспектору по своему месту жительства - представить декларацию за 2006 год и разрешить сложившуюся ситуацию.....