Может ли администрация отказать в выдаче разрешения на строительство из-за ареста земельного участка?

Нет, это неправомерно. Следует обжаловать. Статья 254. Подача заявления об оспаривании решения, действия (бездействия) органа государственной власти, органа местного самоуправления, должностного лица, государственного или муниципального служащего

1. Гражданин, организация вправе оспорить в суде решение, действие (бездействие) органа государственной власти, органа местного самоуправления, должностного лица, государственного или муниципального служащего, если считают, что нарушены их права и свободы. Гражданин, организация вправе обратиться непосредственно в суд или в вышестоящий в порядке подчиненности орган государственной власти, орган местного самоуправления, к должностному лицу, государственному или муниципальному служащему.

2. Заявление подается в суд по подсудности, установленной статьями 24 - 27 настоящего Кодекса. Заявление может быть подано гражданином в суд по месту его жительства или по месту нахождения органа государственной власти, органа местного самоуправления, должностного лица, государственного или муниципального служащего, решение, действие (бездействие) которых оспариваются.

Отказ в разрешении на выезд из Российской Федерации в связи с тем, что заявитель осведомлен о сведениях, составляющих государственную тайну, оспаривается в соответствующем верховном суде республики, краевом, областном суде, суде города федерального значения, суде автономной области, суде автономного округа по месту принятия решения об оставлении просьбы о выезде без удовлетворения.

3. Заявление военнослужащего, оспаривающего решение, действие (бездействие) органа военного управления или командира (начальника) воинской части, подается в военный суд.

4. Суд вправе приостановить действие оспариваемого решения до вступления в законную силу решения суда.