То есть ребёнок фактически прописан в двух местах.

Семейный кодекс РФ в ст.61 предусматривает равенство прав обоих родителей в отношении своих детей, поэтому никто не может прикрепить ребёнка к матери. В соответствии с Инструкцией о применении Правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации, утверждённой приказом МВД России от 23 октября 1995 г.№ 393(в ред. Приказов МВД РФ от 15.04.96 № 202, от 15.09.97 № 600, от 30.06.98 № 394) несовершеннолетние граждане, не достигшие 14-летнего возраста, прибывшие с родителями (усыновителями, опекунами) или родственниками к месту пребывания, регистрируются путем внесения сведений о них в свидетельства о регистрации по месту пребывания по форме № 3 и адресные листки прибытия по форме № 2 одного из родителей (усыновителей, опекунов) или родственников на основании свидетельств о рождении и документов, удостоверяющих личность родителей (усыновителей, опекунов) или родственников. В случае прибытия этих граждан вместе с родителями (усыновителями, опекунами) к месту жительства, регистрация их осуществляется на основании указанных в абзаце первом настоящего пункта документов путем внесения сведений в карточки регистрации по форме № 9, адресные листки прибытия по форме № 2, листки статистического учета мигранта по форме № 12 одного из родителей (усыновителей, опекунов), а также в поквартирные карточки по форме № 10 или домовые (поквартирные) книги по форме № 11. При этом записи, внесенные в поквартирные карточки или домовые (поквартирные) книги о несовершеннолетних гражданах, не достигших 14-летнего возраста, скрепляются штампами по форме № 16 (Приложение 16). Сведения о родившихся или вновь прибывших к родителям (усыновителям, опекунам) несовершеннолетних граждан, не достигших 14-летнего возраста, вносятся в карточки регистрации по форме № 9 одного из родителей и поквартирные карточки по форме № 10 или домовые (поквартирные) книги по форме № 11 на основании свидетельств о рождении этих несовершеннолетних и, в случае прибытия к опекунам, - на основании документов, подтверждающих установление опеки. Эти записи скрепляются штампами по форме № 16. При выезде одного из родителей (усыновителей, опекунов), в учетные документы которого были внесены сведения о несовершеннолетних гражданах, не достигших 14-летнего возраста, эти сведения вносятся в порядке, установленном настоящим пунктом, в учетные документы о регистрации другого родителя (усыновителя, опекуна), с которым они остаются проживать. Если несовершеннолетние граждане, не достигшие 14-летнего возраста, прибывают к новому месту жительства от одного родителя (усыновителя, опекуна) к другому родителю (усыновителю, опекуну), регистрация этих граждан осуществляется в порядке, предусмотренном настоящей Инструкцией. Несовершеннолетние граждане в возрасте от 14 до 16 лет, проживающие или прибывшие вместе с родителями (усыновителями, опекунами, попечителями), или прибывшие от одного родителя (усыновителя, опекуна, попечителя) к другому родителю (усыновителю, опекуну, попечителю), регистрируются по их месту пребывания или по их месту жительства в порядке, предусмотренном настоящей Инструкцией. Регистрация несовершеннолетних граждан в возрасте от 14 до 16 лет по месту пребывания и по месту жительства отдельно от родителей (усыновителей, опекунов, попечителей) осуществляется в порядке, предусмотренном настоящей Инструкцией. Таким образом, если мать ребёнка до 14 лет регистрируется отдельно от ребёнка, который остаётся зарегистрированным с отцом, то это возможно по соглашению между родителями, поэтому паспортные органы не правы, их действия можно обжаловать как в вышестоящий орган – паспортный стол областного УВД, так и сразу в суд. Даже если ребёнок не будет фактически жить с отцом, последний не может без согласия матери и органа по защите прав несовершеннолетних зарегистрировать ребёнка в другом месте, что приведет к снятию с регистрационного учёта по месту теперешней регистрации ребёнка у отца. Однако сейчас при наличии регистрации ребёнка в двух местах ситуация опасна. Ведь правила не предусматривают регистрацию по месту жительства в двух местах одновременно. Если Вы срочно не обжалуете действия паспортного стола, то отец, запросив сведения о регистрации ребёнка с Вами, сможет снять его с регистрационного учёта у себя, подразумевая, что это было совместным волеизъявлением родителей.