Войдут ли эти три года в военный стаж и пенсию по выслуге лет?

Судя по тексту вопроса, да.

Постановление Совета Министров - Правительства РФ от 22 сентября 1993 г. N 941

"О порядке исчисления выслуги лет, назначения и выплаты пенсий, компенсаций и пособий лицам, проходившим военную службу в качестве офицеров, прапорщиков, мичманов и военнослужащих сверхсрочной службы или по контракту в качестве солдат, матросов, сержантов и старшин либо службу в органах внутренних дел, Государственной противопожарной службе, учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы и их семьям в Российской Федерации"

(с изменениями от 31 марта 1994 г., 20 февраля, 14 марта, 26 июня, 20 ноября 1995 г., 3, 15 апреля, 1 мая, 31 октября 1996 г., 5 апреля, 31 октября 1999 г., 6 января, 22 февраля, 14 июля, 26 августа, 4, 15 сентября, 12 октября 2000 г., 31 июля 2001 г., 26 февраля, 18 апреля, 7 июня, 1 октября, 21 ноября 2002 г., 8 августа, 12 ноября 2003 г., 21 октября, 18 ноября, 31 декабря 2004 г., 14, 26, 30 декабря 2005 г., 14 марта, 7 мая, 13 августа, 4 ноября 2006 г., 18 августа, 1, 6 декабря 2007 г., 28 июля, 15, 25 сентября 2008 г.)

"1. Установить, что в выслугу лет для назначения пенсий после увольнения со службы офицерам, прапорщикам, мичманам, военнослужащим сверхсрочной службы и проходившим военную службу по контракту солдатам, матросам, сержантам и старшинам (далее именуются - военнослужащие), лицам рядового и начальствующего состава органов внутренних дел, Государственной противопожарной службы, учреждений и органов уголовно-исполнительной системы засчитываются:

время работы в системе Государственной противопожарной службы Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, в системе Государственной противопожарной службы Министерства внутренних дел Российской Федерации (пожарной охране Министерства внутренних дел Российской Федерации, противопожарных и аварийно-спасательных службах Министерства внутренних дел Российской Федерации), непосредственно предшествующее их назначению на должности, замещаемые лицами рядового и начальствующего состава и военнослужащими Государственной противопожарной службы Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий и лицами рядового и начальствующего состава и военнослужащими Государственной противопожарной службы Министерства внутренних дел Российской Федерации;"