Но я то узнала по поводу задолжности только в 2008 г., когда прислали требование.

Ниже статья (часть её) из Налогового кодекса РФ, почитайте- Статья 46. Взыскание налога, сбора, а также пеней, штрафа за счет денежных средств на счетах налогоплательщика (плательщика сборов) - организации, индивидуального предпринимателя или налогового агента организации, индивидуального предпринимателя в банках

1. В случае неуплаты или неполной уплаты налога в установленный срок обязанность по уплате налога исполняется в принудительном порядке путем обращения взыскания на денежные средства на счетах налогоплательщика (налогового агента) - организации или индивидуального предпринимателя в банках.

2. Взыскание налога производится по решению налогового органа (далее в настоящей статье - решение о взыскании) путем направления в банк, в котором открыты счета налогоплательщика (налогового агента) - организации или индивидуального предпринимателя, поручения налогового органа на списание и перечисление в бюджетную систему Российской Федерации необходимых денежных средств со счетов налогоплательщика (налогового агента) - организации или индивидуального предпринимателя.

3. Решение о взыскании принимается после истечения срока, установленного в требовании об уплате налога, но не позднее двух месяцев после истечения указанного срока. Решение о взыскании, принятое после истечения указанного срока, считается недействительным и исполнению не подлежит. В этом случае налоговый орган может обратиться в суд с иском о взыскании с налогоплательщика (налогового агента) - организации или индивидуального предпринимателя причитающейся к уплате суммы налога. Заявление может быть подано в суд в течение шести месяцев после истечения срока исполнения требования об уплате налога. Пропущенный по уважительной причине срок подачи заявления может быть восстановлен судом.

Решение о взыскании доводится до сведения налогоплательщика (налогового агента) - организации или индивидуального предпринимателя в течение шести дней после вынесения указанного решения.

В случае невозможности вручения решения о взыскании налогоплательщику (налоговому агенту) под расписку или передачи иным способом, свидетельствующим о дате его получения, решение о взыскании направляется по почте заказным письмом и считается полученным по истечении шести дней со дня направления заказного письма.

Насколько я понимаю, у вас вопрос даже не процедурный, а фактических доказательств того, что вы должны какую-то сумму в качестве ЕСН. Есть ли такие доказательства у налоговой? Вы пишете, что сведений за 2003 год у них нет, акта сверки и за 2004 г. также нет (вы пишете, что узнали о "задолженности" в 2008 г.-следовательно в 2004 или за 2004 г. вы акт сверки не подписывали? А есть ли у вас документы об уплате за 2003-2004 годы ЕСН (хоть в какой сумме)?