Проблемы с арендой - нарушения и ничтожные документы - что делать?

Такая ситуация: Наша организация 18.06.2012 года заключила договор аренды с Управлением имущественных и земельных отношений Брянской городской администрации сроком с 22 мая 2012 года по 21 мая 2022 года и с арендной платой 74493.22 руб. - сам договор был зарегистрирован в управлении Федеральной службы государственной регистрации 12.12.2013 года! Потом Управление имущественных и земельных отношений Брянской городской администрации передает здание на баланс МУП Жилищное хозяйство и заключается с нами дополнительное соглашение к договору аренды 18.02.2013 года! Нами произведено техническое обследование в 2012 году - где указано что здание является непригодным для эксплуатации и нахождении в нем людей! После чего заключено дополнительное соглашение с МУП Жилищное хозяйство о не взимании арендных платежей до завершения капитального ремонта - и оно не было зарегистрировано! После чего мы потратили около 2500000 на капитальный ремонт и приостановили - за отсутствие документации на земельный участок - что требуется для ремонта, и хотели произвести взаимозачет в счет арендной платы! В ответ сказали что взаимозачет возможен при соглашении сторон - какого нет и насчитали за весь период арендную плату! Поясните что в данной ситуации возможно сделать, какие нарушения и какие документы ничтожны в данном случае?